肛門直腸疾病如肛裂、肛瘺、痔、肛竇炎、肛乳頭炎、直腸脫垂、肛門失禁等，使肛門口分泌物增多，潮濕刺激皮膚引起瘙癢。肛門瘙癢的原因，由內分泌性疾病如糖尿病患者皮膚含糖量增高，刺激神經末梢所致瘙癢;甲狀腺功能亢進癥皮膚癌癢，可能與多汗、基礎代謝率增高、情緒緊張等有關。肝、腎疾病也可引起肛門瘙癢原發性膽汁性肝硬化或膽道梗阻的患者，由于血液和皮膚膽鹽含量增高，刺激神經末梢導致瘙癢。
病后期尿毒癥也可發生肛門瘙癢。寄生蟲病寄生蟲主要有蛻蟲、蛔蟲、陰道滴蟲、陰虱、疥瘡等，這些潛在的疾病原因肉眼是看不見的，但是往往最容易引起肛門瘙癢。肛門瘙癢的原因，如肛門皮膚病如肛門濕疹、神經性皮炎、癬、各種疣、汗腺炎等，肛門皮膚病往往造成肛門的不適，再加上糞便附于肛門皺襞內，刺激皮膚而引起皮膚紅腫瘙癢。一般在治療的時候可直接治療這些肛門皮膚病。
(一)原發性瘙癢。原發性瘙癢不伴有原發性皮膚損害，以瘙癢為主要癥狀。
(二)繼發性瘙癢。繼發性瘙癢癥產生于原發性疾病及各種皮膚病，伴有明顯的特異性皮膚損害和原發病變，瘙癢常是原發病變的一個癥狀。如肛瘺、肛門濕疹、濕疣、神經性皮炎、肛管直腸腫瘤、蟯蟲等引起的肛門瘙癢均屬此類。
初起肛門瘙癢較輕，肛門皮膚無明顯變化，多為陣發性。久病患者瘙癢較劇，持續時間較長，尤以夜間更甚，過度的搔抓或機械刺激使肛周皮膚增生肥厚粗糙，肛門皺襞加深，局部有抓痕、血痂、滲液，皺襞縫中殘留糞便污垢，更重者可合并感染見有膿泡或膿性分泌物，潮紅腫脹。病變可擴展至會陰、陰囊、女性外陰甚至雙臀部皮膚。臨床檢查可發現有內痔、外痔、混合痔、肛瘺，或經實驗室檢查發現有糖尿病、蟯蟲病、白色念珠菌感染等。