肛痿的原因多為一般性化膿感染，少數為結核性，克羅恩病、潰瘍性結腸炎、惡性腫瘤、肛管外傷等也可形成肛瘺。大多數肛痿起自肛管直腸周圍膿腫，當膿腫自行破潰或切開引流處成為外口;膿腫縮小，形成感染性管道，其原發病灶成為感染源不斷進入管道內口，因此經久不愈。外口皮膚生長較快，常常假性愈合，以致又破潰，反復發作。

　　膿腫

　　肛管直腸周圍膿腫有2大類：一類與肛腺及肛瘺有關，稱為原發性急性肛腺肌間瘺管性膿腫，簡稱瘺管性膿腫，較多見;一類與肛腺及肛瘺無關，稱為急性非肛腺性非瘺管性膿腫，簡稱非瘺管性膿腫較少見;肛瘺大多由前者發展而來。肛瘺多為一般化膿性感染所致，少數為特異性感染，如結核，克羅恩病，潰瘍性結腸炎。直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘺，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘺管，但都很少見，與一般化膿性肛瘺有明顯區別。

　　性激素

　　有人推測性激素的影響是肛瘺發生的主要原因，在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男性較女性增生明顯，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年為何肛瘺發病率較高，而女性肛腺導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘺發病率較低，人到老年，與其他皮脂腺普遍萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘺少見。

　　病原菌

　　肛瘺有原發性內口，瘺管，支管和繼發性外口，內口即感染源的入口，多在肛竇內及其附近，后正中線的兩側多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位，瘺管有直有彎，少數有分支，外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位于肛管周圍皮膚，由于病原菌不斷經內口進入管道，加之管道迂曲行走于內，外括約肌附近，管壁由纖維組織構成，管內有肉芽組織，故經久不愈。

　　直腸下端和肛管有一些特殊的解剖結構，如直腸柱、肛瓣和隱窩等，在排便時經常受到糞塊的摩擦,發生損傷的機會很大。隱窩內有肛腺的開口,隱窩呈袋狀，易積存糞便，肛腺分泌的粘液也容易引流不暢。直腸和肛管內平時有大量細菌存在。直腸下端和肛管周圍有許多潛在的解剖間隙，充滿脂肪和疏松結締組織。上述這些特點都是為感染創立了極為有利的條件,所以感染多來自肛管內。肛門旁皮膚富于毛囊和皮脂腺,皮下脂肪也較厚，加以局部不清潔，內褲摩擦或便后用硬紙揩拭都容易造成表皮損傷，易發生與一般的皮膚感染相似的肛周皮下感染,不過這種感染比較淺在,通常不會形成肛瘺。