(一)發病原因

　　肛管癌真正病因尚未明了，但有研究表明它是多因素作用下多基因失控所致，以往注意到長期慢性刺激如肛瘺，濕疣和免疫性疾患(如Crohn病)與肛管癌發生有關，近年來發現人乳頭狀病毒(HPV)與它有密切關系，特別是HPV-16，50%～80%的肛管癌細胞中有HPV-16，性行為異常也是肛管癌的高危因素，男性同性戀患者47%有肛管濕疣史，其肛管癌發病危險系數是正常配偶的12.4倍，女性患者中30%有肛交史，免疫抑制如腎移植術后患者，肛管癌的發病率要比正常人群高100倍，肛管癌也存在基因表達異常，67%的肛管癌可見p53基因突變，71%的肛管癌有癌基因C-myc的表達，且分布異常，此外，也有人注意到吸煙也是肛管癌的重要誘因，有吸煙史的男，女性發病率分別是正常人的9.4倍和7.7倍。

　　(二)發病機制

　　病理學 肛管是內，外胚層交接之處，所以腫瘤組織學來源較為復雜，大致分為3大類：上皮細胞腫瘤(如鱗狀上皮癌，基底細胞癌，腺癌等)，非上皮細胞腫瘤(如肉瘤，淋巴瘤等)和惡性黑色素瘤。

　　肛管癌以鱗狀細胞癌最多見，約占2/3以上，按細胞分化程度分高，中和低分化癌，少數為腺癌，至于肉瘤和淋巴瘤在肛管區少見，惡性黑色素瘤在肛管直腸腫瘤中不足1%，中山醫科大學腫瘤醫院統計肛管直腸腫瘤574例中，僅有4例黑色素瘤，占0.7%，但其惡性度極高，生長快，迅速轉移至區域淋巴結和其他臟器，預后甚差。

　　肛管癌擴散途徑主要是淋巴道轉移，而且主要是沿直腸上動脈向上方轉移至直腸旁淋巴結，匯成直腸上淋巴結，繼而轉移到腸系膜下動脈周圍，肛管癌亦可向側方淋巴轉移至髂內，髂總淋巴結，向下方轉移主要向前經過會陰及大腿內側部皮下組織到達腹股溝淺淋巴結，少數向后沿臀部外側經兩側髂嵴進入腹股溝淺淋巴結，最后均匯至腹股溝深淋巴結和髂外，髂總淋巴結，可見，腹股溝淋巴結轉移常可成為第1站淋巴結轉移，與直腸癌有所不同，其次，肛管癌局部擴散可侵入肛門括約肌，陰道后壁，會陰，前列腺和膀胱，造成肛管陰道瘺或肛管膀胱瘺，所以在行腹會陰聯合直腸切除術治療肛管癌時，會陰部切除范圍應較直腸癌手術時廣泛，肛管癌第3條擴散途徑是經血道至肝，肺，骨，腹膜等。