① 診斷只看“培養基變色”
對衣原體和溶脲脲原體感染，需要經過細菌培養、分離并觀察到相應的衣原體和溶脲脲原體菌落，這是最可靠的確診方法。 而不是簡單地看到“培養基變色”，因為一些雜菌也含有脲酶，亦可以使培養基變色。
② 衣原體和溶脲脲原體感染必須治療
衣原體和溶脲脲原體其實是一種“條件性致病微生物”，沒有必要一發現就“趕緊用藥”，更沒有必要使用昂貴的抗菌藥“打吊針”。過度治療不僅會給患者帶來不必要的經濟負擔，更會使其產生心理壓力。當尿道分泌物中衣原體和溶脲脲原體<104>104 CCU/毫升，或者出現感染癥狀時，需進行治療。
③ 發現感染就濫用抗生素
非淋菌性尿道炎是完全可以治愈的，但應正規治療。應遵循及時足量、規則用藥的原則，根據不同病情、藥物敏感試驗結果等，合理選用相應的抗生素治療。
治療非淋菌性尿道炎以四環素類、大環內酯類藥物為主，阿奇霉素、美滿霉素是近年來常用的治療本病的藥物，它們的療效較四環素高，有效率約90%以上。磺胺類、利福平對衣原體有效，對支原體無效。慶大霉素、新霉素、多粘菌素對衣原體無效。鏈霉素、壯觀霉素對衣原體無效，對支原體有效。孕婦及兒童不宜用四環素、強力霉素、喹諾酮類藥物，可選用紅霉素。
④ 忽視合并癥的治療
如衣原體和溶脲脲原體合并淋球菌感染時，先采用青霉素、淋必治等治療，再選用四環素、強力霉素、紅霉素等有效治療衣原體和溶脲脲原體的抗菌藥物。
⑤ 忽視性伴侶的治療
性伴侶有一方感染時，雙方應同時檢查治療。
⑥ 忽視治療期間應禁止性生活
治療期間禁飲酒、勞累、熬夜、性生活。治療痊愈后(各項指標轉陰)，一個月內仍應禁止性生活。如伴有并發癥，則恢復性生活的時間應當再推遲。