非淋菌性尿道炎好發于青年性旺盛時期。潛伏期可由數天至數個月，但多數為1～3周。一般非淋菌性尿道炎的癥狀體征男女有不同的表現，具體如下。
男性NGU
癥狀與淋菌性尿道炎相似，癥狀比較輕，癥狀拖延，時輕時重。尿道有刺癢感或灼熱感，偶有刺痛感，尿道口有分泌物，但分泌物稀薄，有時僅表現為晨起痂膜封住尿道口或褲襠污染，有分泌物附著。有時病人無任何自覺癥狀。初診時很易被漏診。
女性NGU
女性非淋菌性尿道炎的臨床特點是癥狀不明顯或無癥狀。當引起尿道炎時，約有50%的病人有尿頻和排尿困難，但無尿痛癥狀或僅有很輕微的尿痛，可有少量的尿道分泌物，但一般無尿痛或沒有輕微尿痛的癥狀。有時宮頸也有炎癥或糜爛，經常造成外陰或陰道瘙癢，合并有輸卵管炎、子宮內膜炎、盆腔炎的病人，會出現相應的癥狀。