扁桃體炎的治療主要是控制感染，扁桃體炎多為細菌感染，特別是化膿性扁桃體炎更是化膿菌所致，所以必須使用抗生素。扁桃體炎引起的扁桃體肥大可造成呼吸困難，特別是睡眠時，因舌頭也松弛后倒，致使鼾聲如雷，天長日久會因慢性缺氧而影響生長發育，慢性缺氧還會使孩子的智力發育受到影響。
扁桃體急性發炎時，采用青霉素類抗革蘭氏陽性細菌抗生素或消炎藥物，治療效果很好。加上適當的休息，注意營養，一般在1周左右就可恢復正常。
如果炎癥反復發作，則可轉化成慢性。慢性扁桃體炎的癥狀不很明顯，主要是咽痛。咽干、咽部不適、有口臭等表現。由于炎癥的原因扁桃體常常比較肥大，但也有少數扁桃體萎縮而仍有慢性炎癥者，并常合并伴有慢性咽炎。
檢查可見扁桃體表面充暗紅色血、表面有瘢痕、及粘連、凹凸不平，腭舌弓亦可有慢性充血，有時頜下淋巴結也可腫大。慢性扁桃體炎也可用抗菌消炎藥物，如反復急性發作，則需要施行手術切除，但一般5周歲以下兒童不適宜于手術治療，多采用保守治療，因其尚有一定的免疫作用。
(1)全身治療
本病多為鏈球菌感染，抗生素首選青霉素，青霉素過敏者可選用紅霉素、林可霉素等。高熱頭痛及全身酸痛者可選用阿司匹林等解熱鎮痛劑。經2-3日治療后如病情無好轉，則應考慮是否病毒或其他細菌感染，改用抗病毒藥、敏感抗生京或磺胺類藥物，可酌情使用腎上腺皮質激素，如潑尼松、地塞米松等。
(2)局部治療
可選用小兒患扁桃體炎時全身的感染癥狀很明顯，孩子表現為：高燒可達39～40℃，同時伴有寒戰，全身乏力，頭痛及全身痛，食欲不振，惡心和嘔吐。檢查咽部時可發現扁桃體上有膿。這是最有力的診斷依據，因為光憑全身癥狀不能與其他感冒相區別。