腸結核好發于回盲部，依次為升結腸、空腸、橫結腸、降結腸、闌尾、十二指腸及乙狀結腸等處，偶有位于直腸者。胃結核亦有報導，但極少見。
結核菌侵入腸道后，其病理變化隨人體對結核桿菌的免疫力與過敏反應的情況而定。
當感染菌量多，毒力大，機體過敏反應強時，病變往往以滲出為主。并可有干酪樣壞死并形成潰瘍，稱為潰瘍型腸結核;若感染較輕，機體免疫力(主要是細胞免疫)較強時，病變常為增生型，以肉芽組織增生為主，形成結核結節并進一步纖維化，稱為增生型腸結核。
實際上兼有潰瘍與增生兩種病變者，并不少見，此稱為混合型或潰瘍增生型腸結核。
一、潰瘍型腸結核
結核桿菌侵入腸壁后，首先腸壁集合淋巴組織有充血、水腫及滲出等病變，進一步發生干酪樣壞死，隨后形成潰瘍并向周圍擴展，潰瘍邊緣可不規則，深淺不一，有時可深達肌層或漿膜層，甚至累及周圍腹膜或鄰近腸系膜淋巴結。
潰瘍型腸結核常與腸外組織粘連，因此腸穿孔發生率低。
腸結核的潰瘍可隨腸壁淋巴管擴展，多呈環狀。在修復過程中，因有大量纖維組織增生和瘢痕形成，易導致腸腔環形狹窄。此外，潰瘍部位的血管有閉塞性內膜炎，所以潰瘍型腸結核很少引起大出血。
二、增生型腸結核
常見于盲腸和升結腸。初期局部水腫、淋巴管擴張。
慢性期有大量結核性肉芽組織和纖維組織增生，主要在粘膜下層，呈大小不等的結節，嚴重者呈瘤樣腫塊突入腸腔并形成腸狹窄，甚則引腸梗阻。病變的腸段變窄增厚，或與周圍組織粘連，形成腫塊。回腸往往因盲腸慢性梗阻而擴大。