子宮內膜異位癥常見有痛經、慢性盆腔痛、性交痛、月經異常和不孕。25%患者無任何癥狀。
(1)痛經和慢性盆腔痛
子宮內膜異位癥最典型的癥狀為繼發性痛經，并隨局部病變的進展而漸進性加重，但并非所有患者都有如此典型的癥狀。
(2)性交痛
約30%患者可出現性交痛。多見于直腸子宮陷凹有異位病灶或因病變導致子宮后傾固定的患者，性交時由于碰撞及子宮收縮和向上提升而引起疼痛，一般表現為深部性交痛，月經來潮前性交疼痛更明顯。
(3)月經異常
15%～30%患者有經量增多、經期延長或經前點滴出血。月經異常可能與病灶破壞卵巢組織，影響卵巢功能有關。部分患者可能與同時合并有子宮腺肌病或子宮肌瘤有關。
(4)不孕
內異癥患者不孕率高達40%，而在不孕癥患者中，約80%有異位癥，其中20%患者有中度以上病變。
(5)急腹痛
卵巢子宮內膜異位囊腫經常會由于經期囊內出血、壓力增加而多次出現小的破裂，由于破裂后立即被周圍組織粘連而僅造成一過性的下腹部或盆腔深部疼痛。
(6)其他癥狀
盆腔外組織有異位內膜種植和生長時，多在病變部位出現結節樣腫塊，并伴有周期性疼痛、出血或經期腫塊明顯增大，月經后又縮小。腸道內異癥患者可出現腹痛、腹瀉或便秘，甚至有周期性少量便血。嚴重的腸道內異癥可因直腸或乙狀結腸受壓而出現腸梗阻癥狀。
膀胱內異癥可在經期出現尿痛和尿頻，但多被嚴重的痛經癥狀掩蓋而被忽略。異位內膜侵犯和壓迫輸尿管時，可出現一側腰痛和血尿。