包莖多數為先天性。有一部分是在包皮過長的基礎上反復感染，造成粘連不能翻起所致。包莖比起包皮過長來對人身體的危害要大得多。有些嚴重的包莖，包皮口窄如針孔，排尿時包皮鼓起如球，排尿不暢。由于包莖、尿道口狹窄，排尿時膀胱括約肌收縮，膀胱內壓在克服尿道阻力之前或同時，也超過了膀胱毛氏鞘所 能承受的壓力，尿液沿輸尿管返流，輸尿管、腎盂擴張，引起上尿路細菌感染，疤痕形成，而導致繼發性反流性腎臟病甚至腎功能損害。對于包莖，惟一的治療方法就是進行包皮環切術，而且應在早期做手術。初生男孩包皮切除術最好 ，成人后再進行手術，雖然不能完全避免陰莖癌的發生，但對早期病變及時診治及根治慢性包皮陰莖頭炎，是一種簡便有效的措施。
(1)妨礙陰莖發育，影響性生活的和諧：包莖會影響陰莖的生長發育，在青春期由于陰莖頭被包皮緊緊包住，得不到外界的應有刺激，陰莖頭的發育受到很大束縛，致使性器官發育成熟后的陰莖頭冠部的周徑明顯小，影響性快感。成年人會由于包皮過長或包莖，影響正常性生活。特別是包皮口徑過小的男人，包皮上翻不能復原，包皮緊緊卡在冠狀溝處，成嵌頓包莖，痛苦不甚。嚴重時，龜頭會因血流不暢而發生水腫，甚至可發生龜頭壞死。
(2)使陰莖發炎：包皮內有豐富的皮脂腺，能分泌大量的皮脂。包莖或包皮過長時，使包皮內皮脂腺的分泌物不能排出，皮脂和尿中的沉淀物合成乳酪狀奇臭的“包皮垢”。包皮垢適宜細菌生長，故可引起陰莖頭及包皮發炎。病菌通過尿道還可以造成尿路感染。發生在尿道口的炎癥，愈合后可引起尿道口狹小，造成排尿困難。
(3)損害腎臟功能：由于陰莖發炎，可以引起尿道口或前尿道狹窄，造成排尿困難。長期排尿困難，腎臟的功能就會受到損害。
(4)有致癌的危險：包皮過長和包莖，有誘發陰莖癌的可能。現代科學研究表明，包皮垢是一種致癌物質，據調查，85%-95%的陰莖癌患者，都是包莖或包皮過長。包莖和包皮過長，不僅影響自己的身體健康，如果和妻子同房，還會把包皮垢帶入陰道，刺激子宮，誘發子宮頸癌。