唇腭裂的治療是一項系列性治療，缺一不可。
治療目的是為了恢復上唇正常形態和正常的語言功能。為獲得滿意的手術效果，整復手術的時間選擇非常重要。唇腭裂分為：單側唇腭裂和雙側唇腭裂。
目前國內外公認唇裂最佳手術時間為生后3個月就是指單側唇腭裂的嬰兒。腭裂為生后12個月則為雙側唇腭裂的嬰兒治療的最佳時期。
唇裂術后往往伴有不同程度鼻畸形，即裂側鼻孔扁平、塌陷、鼻尖歪等，應在8歲時做鼻畸形矯正術。另外唇腭裂小孩常有上頜牙齒排列不齊，出現反胎即地包天。應在12歲左右進行牙齒正畸治療。
唇腭裂的治療為綜合性治療，需要口腔科、外科、整形外科、兒科以至心理醫師的通力合作。
家長在配合治療的同時，作好患兒的喂養、語音訓練以及心理矯治，這三方面的配合對治療患唇腭的孩子來說缺一不可。