唇腭裂的治療是一項系列性治療，缺一不可。治療目的是為了恢復上唇正常形態和正常的語言功能。為獲得滿意的手術效果，整復手術的時間選擇非常重要。
唇腭裂分為
單側唇腭裂和雙側唇腭裂。目前國內外公認唇裂最佳手術時間為生后3個月就是指單側唇腭裂的嬰兒。腭裂為生后12個月則為雙側唇腭裂的嬰兒治療的最佳時期。
唇裂術后往往伴有不同程度鼻畸形，即裂側鼻孔扁平、塌陷、鼻尖歪等，應在8歲時做鼻畸形矯正術。另外唇腭裂小孩常有上頜牙齒排列不齊，出現反胎即地包天。應在12歲左右進行牙齒正畸治療。
唇腭裂疤痕修復手術具體方法是將異位的口輪匝肌復位，恢復肌肉的連續性，達到功能性修復。
注意唇裂疤痕修復的正常高度，人中居中，上唇兩側對稱。唇裂者常伴有鼻部畸形，應同時矯正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矯正鼻翼塌陷，恢復鼻孔基本對稱。
唇腭裂疤痕修復的基本步驟為
1、定點設計
定點設計是唇裂疤痕修復的第一步。先找出唇紅緣的點，在健側唇紅緣找出唇峰點D和人中最低點C，然后按CB=CD，定出B點。在患側唇紅緣最厚處定B點。做唇裂疤痕修復時最后將B、B兩點對縫，即形成患側之唇峰點。
2、切開和縫合
切開、縫合是唇裂疤痕修復重要步驟。做唇裂疤痕修復時要求細致、輕巧、減少創傷、切開準確、縫合整齊。切開時先用手指捏緊切口外側的上唇，以減少出血。依次按設計線切開AB、BE、AB、BE及EB。切開后，健側上唇即可下降，在BE處敞開形成三角形裂隙。將在患側形成之BEB三角形組織瓣插入此裂隙之中。
AB線的創緣則與AB相對。依次分層縫合。 做唇裂疤痕修復根據情況采用嵌入或Z形對偶三角瓣法，以增加唇紅的豐滿度。
鼻崎形者，一般主張推遲到13歲以后進行根治唇裂疤痕修復術。
唇腭裂的治療為綜合性治療，需要口腔科、外科、整形外科、兒科以至心理醫師的通力合作。家長在配合治療的同時，作好患兒的喂養、語音訓練以及心理矯治，這三方面的配合對治療患唇腭的孩子來說缺一不可。