布加氏綜合征傳統的治療方法主要為各種轉流手術。如腔-房、腸-房和腸-頸靜脈人工血管轉流術等。經臨床觀察，這類手術由于人工血管血栓形成及狹窄所致的手術失敗是其主要問題，對于不能耐受手術者，圍手術期死亡率高，經過手術治療的患者也未能延長術后生存期。傳統的手術治療需要開胸、開腹，在大血管上實施手術，不但創傷大，恢復慢，而且操作復雜，風險極大，目前已逐漸被放棄。取而代之的是微創手術治療。對于短段阻塞，微創介入球囊擴張及支架植入術治療多數可使部分血管恢復血流，有較好的近期療效，但遠期治療效果欠佳，術后1年通暢率仍較低。若為下腔靜脈長段血栓或復雜病變，微創介入治療往往無能為力，強制進行反而會出現下腔靜脈破裂、出血等危重并發癥。
采用中西醫結合慢性溶栓療法治療布加氏綜合癥，經過臨床觀察，無論在治療費用、治療風險及遠期療效上均優于微創介入治療及傳統手術治療。
由于布加氏綜合癥病情復雜，臨床表現各異，因此，在溶栓治療的基礎上需要根據患者的具體表現，損害的臟器情況及不同時期制定相應的治療方案。對于脾腫大，脾功能亢進，血小板減少者，在治療上需要根據血小板的水平，酌情減少溶栓藥物的劑量并采用中醫辨證論治，運用中藥提高血小板的水平，同時采用活血止血的方法避免消化道出血。在治療過程中，要密切監測血凝指標、便潛血。門靜脈高壓患者出現消化不良、腹瀉，運用特色中藥方劑健脾止瀉，改善腸道功能;對于出現頑固性大量腹水的患者，采用藥物治療結合腹水回輸，能使大量腹水消失，并且不易復發，有效避免了因反復腹腔穿刺行腹腔減壓，大量蛋白不斷丟失，最后死于嚴重營養不良的后果;對于就診較晚已出現肝硬化的患者，采用特色中藥軟堅散結、活血化瘀治療，以延緩肝硬變的進程，并可使部分患者肝硬化逆轉。
臨床治療證實，治療布加氏綜合癥采用辨證治療與溶栓治療相結合更為理想。