布加氏綜合癥的早期治療意義重大，直接關系到了患者的預后。
布加氏綜合癥急性期患者通常死于肝昏迷、肝腎綜合征及出血，危重者常在數周內死亡;布加氏綜合征慢性期患者的病程可長達數年，其預后與是否及時有效的治療有直接關系。布加氏綜合征患者一經確診，應及時采用中西醫結合慢性溶栓療法進行規律治療，及時開通肝靜脈及其分支靜脈、下腔靜脈等血管通道，使肝淤血、門脈高壓盡早得到緩解，可使肝功能好轉，腹水消失，與此同時，積極祛除發病因素，使病情得到有效緩解。
臨床治療布加氏綜合征的過程中，應根據患者的肝功能情況，合理選擇溶栓藥物的劑量，同時配合中藥活血、止血，能有效防止因患者肝功能較差導致出血傾向的發生。在治療中，解除肝靜脈回流障礙比解除下腔靜脈回流障礙更為重要，因肝靜脈回流障礙引起的門靜脈高壓可導致肝功能的進行性損害、頑固性腹水和食管靜脈曲張出血，對患者的生命威脅更大。
因此，布加氏綜合征早期治療，可使肝功能得到逆轉，避免出現嚴重營養不良、頑固性腹水等嚴重并發癥。布加氏綜合征患者若就診較晚，肝功能受損嚴重，大量頑固性腹水、食管胃底靜脈曲張破裂，出現上消化道出血及肝功能衰竭等多種并發癥，則預后較差。