本病以女性多見，青少年期為發病高峰期，女性絕經期為另一小高峰。其起病大多隱襲、緩慢。可有關節酸痛、低熱、乏力、皮疹、閉經等。易被誤診為關節炎、結締組織病或月經不調，出現黃疸時才被診斷。本病往往有種屬和遺傳背景。
自身免疫性肝炎通常有70%發生在女性，年齡一般在15-40歲之間。系統性紅斑狼瘡和自身免疫性肝炎這兩種病是不同的實體。
自身免疫性肝炎大多數隱匿或緩慢起病，起先可有關節酸痛、低熱、乏力、皮疹、閉經等。易被誤診為關節炎、結締組織病或月經不調。直出現黃疸時才被診斷是自身免疫性肝炎。約20%-25%病人的起病類似急性病毒性肝炎。有些病人最初肝外表現掩蓋了原有的肝病癥狀，經過一段時間才逐漸出現乏力、惡心、食欲不振、腹脹及體重減輕等肝炎癥狀。
體格檢查時常發現患者肝臟呈進行性腫大，有肝掌、黃疸、脾腫大，面、頸、前胸可見蜘蛛痣，還可見到面部痤瘡、多毛、蕁麻疹、牙齦及鼻黏膜出血等情況。
化驗單常顯示血小板和白細胞減少，血清轉氨酶升高，血清膽紅素升高，血沉增快，血清球蛋白尤其是γ-球蛋白增高，自身免疫性抗體陽性，部分患者血中可找到狼瘡樣細胞。
任何年輕的肝病患者，尤其是沒有酒精、藥物、病毒病原學的變化的危險因素的患者，都應考慮是否是自身免疫性肝炎。血清蛋白電泳和自身抗體的檢測對自身免疫性肝炎的診斷是非常重要的。一部分自身免疫性肝炎的病人血清丙種球蛋白是正常值的兩倍，且有抗核抗體或抗平滑肌(抗肌動蛋白)抗體。
該病的診斷應與乙型和丙型慢性活動性肝炎相區別，自身免疫性肝炎的病毒性肝炎血清學標志陰性，而有多種自身抗體存在。肝活檢能夠較好地予以確診。
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