生殖細胞性腫瘤在出生后至青少年期均可發病，但以嬰幼兒，學齡前期發病較為多見，本病的發病部位較為多處，多見于骶尾部，睪丸，卵巢，盆腔，后腹膜，縱隔和顱內，不同的發病部位有不同的臨床表現。
常因可捫及腫塊或增大的腫塊產生壓迫癥狀而就診，當腫瘤原發于骶尾部或盆腔并壓迫直腸及尿路時，發生大小便習慣改變，骶尾部外型改變或不對稱，常提示骶尾部可能有腫塊，睪丸腫塊較易早期發現，睪丸不對稱腫大，硬，后腹膜及卵巢腫塊早期無癥狀而不易發現。
常在腹圍增大或捫及腹塊時才就診，卵巢腫塊扭轉可因急腹痛而就診，原發于縱隔的腫塊可壓迫血管或氣管，產生上腔靜脈壓迫綜合征及呼吸道壓迫癥狀。