蜂蜜最常用于治療胃腸道疾病，中醫認為蜂蜜能潤滑胃腸，被認為是便秘特別是熱病后津傷便秘、老年和孕婦習慣性便秘的良藥。蜂蜜對胃和十二指腸潰瘍的療效十分顯著，原蘇聯的莫斯科、新西伯利亞、庫爾斯克、基輔、伊爾庫斯克等城市地醫院，大量地試用蜂蜜治療胃和十二指腸潰瘍，均獲得很好的治療。實驗證明，蜂蜜對胃和十二指腸潰瘍的有效率高達82,,。治療患者時用x光檢查，有半數病人潰瘍結瘢。它可患者的胃液酸度正常化，神經系統興奮降低，胃疼和燒灼感消失，紅血球和白血球升高，體重增加。
蜂蜜對胃液的酸度有雙向調節作用，它主要是對胃酸分泌的影響進行調節，服用蜂蜜的時間和蜂蜜溶液的溫度對胃酸分泌影響起決定性作用，實驗證明在飯前一個小時食用蜂蜜，它能抑制胃酸的分泌。在食用蜂蜜后馬上進食，它又會刺激胃酸的分泌。蜂蜜溶液溫熱時能促進胃液稀釋，胃液酸度降低，冷的蜜水可提高胃液酸度。并能刺激胃腸道運動和分泌功能。
用蜂蜜治療胃及十二指腸潰瘍的服用方法：每日3次，每次30～40g，早上和中午在飯前1.5～2小時，晚上在飯后3小時服用，每療程為2個月。
此外，蜂蜜還被用于治療結腸炎、痔瘡等疾病，都獲得良好的療效。我國中醫偏方用姜蜜合劑治療小兒蛔蟲性梗阻有明顯的效果。