雖然任何由軟骨化骨的骨骼均可生長骨軟骨瘤，但長管狀骨比扁骨、短骨更多見。其中股骨遠端、脛骨近端和肱骨近端最為多見。
由于該腫瘤不產生疼痛，多因偶然摸到腫塊，或X線檢查發現腫瘤。局部多無壓痛。有些因壓迫血管、神經及內臟器官，產生相應的癥狀。常是意外中摸到腫物或在X線照片上偶然發現異常。多數沒有癥狀。
股骨下端或脛骨上端的內側骨疣可有肌腱滑動感。腫物遭到直接沖擊或蒂部發生骨折以后才會有疼痛感覺。瘤體較大時可壓迫神經。腰椎的骨疣可發生馬尾神經的壓迫癥狀。足和踝部腫物會使走路和穿鞋困難。有的可并發滑囊或滑囊炎。