針對自閉癥患兒表現的睡眠障礙、語言交流障礙等癥，中醫外治法配合服用中藥，可起到較好的療效。
針刺頭部穴位
我國歷代醫學文獻對于經絡與頭的關系早有記載，如《靈樞·邪氣藏臟病形篇》中稱“十二經脈，三百六十五絡，其經氣皆上于面而走空竅”，空竅就包括顱腦和腦髓，《針灸大成》中稱“首為諸陽之氣，百脈之竅……百脈皆歸于頭”，說明全身經絡與頭的關系很密切。
兒童自閉癥大多語言發育障礙伴智力低下，根據“百脈皆歸于頭，腦為髓之海，頭為諸陽之氣”等中醫理論，我院(上海南亞醫院中醫科)中醫科以針刺頭部穴位為主，使患兒逐步恢復語言功能，并配合針刺頭部語言區來增強患兒對語言的理解能力，睡眠障礙主要取心經原穴神門，調理心經經氣，寧心安神，針刺脾經三陰交協調脾腎氣機。
穴位封閉療法
現在，美國等西方國家認識到自閉癥康復的重要性。通過大劑量應用維生素B6，可增強語言功能，改善睡眠，減少活動過度和激惹性，增加注意廣度和對學習的興趣，減少攻擊行為和自傷行為。唐代《本草拾遺》中，對紫河車即干燥胎盤的藥性和藥效均有詳細說明。《本草再新》中稱“大補元氣、理血分、治神傷夢遺”。可見，胎盤治虛損勞積、失志恍惚、安心養血、益氣補精有奇效。采用人胎盤組織液和維生素B6做風池穴位封閉，能使患兒在睡眠、語言、行為等方面有明顯改善。
推拿捏脊
推拿后背的華佗夾脊穴屬督脈，督脈貫脊，屬腦絡腎，督率陽氣，統攝真元。捏脊法可調陰陽、理氣血、和臟腑、通經絡、培元氣，具有強身健體的功能，是小兒推拿主要手法之一。另外，通過捏脊法可使患兒解除恐懼感，還能使大腦釋放出“內啡肽”，提高大腦右半球的功能，增強空間想象力和創造力。推拿骶部穴位可快速改善大小便自理功能，已被北大醫學部精神病研究所證實。
此外，通過中醫辨證，自閉癥還可分為肝腎虧虛型、心脾兩虛型、陰虛火旺型，針對不同患兒的表現，有針對性地施以方藥，能取得較好的療效。