一、先天性食管閉鎖
本病多發生于早產兒。患兒吃多少吐多少，并流口水。喂乳后有嗆咳，顏面呈青紫色，可很快出現氣喘、呼吸困難、口唇發紫等類似肺炎的癥狀。
二、先天性腸閉鎖
即小兒在胎內腸管就閉鎖不通。懷有這種病孩的孕婦一般腹型過大，有羊水過多現象。腸閉鎖包括十二指腸閉鎖、小腸閉鎖和結腸閉鎖。患兒出生后第一天可正常吃奶，1-2天后反復發生嘔吐者，多為十二指腸閉鎖，生后2-3天出現反復嘔吐的多是小腸閉鎖，腸閉鎖患兒的嘔吐物中有膽汁，有時還有胎便;患兒上腹部膨隆，下腹軟癟，在腹部可見到胃腸的形狀及蠕動波;患兒不排便，而排少許灰白色粘液或是飯粒樣便。本病也必須手術治療。
三、先天性肛門直腸閉鎖
這是由于胚胎發育不良或異常所致的先天性疾病，患兒肛門完全閉鎖，有的合并直腸前庭瘺、直腸會陰瘺或直腸陰道瘺，男孩還有直腸膀胱瘺等畸形。如果新生兒進奶3-4天后不排便，出現腹脹和嘔吐，開始吐物為奶汁、膽汁，后為糞便。應檢查一下肛門，如為直腸閉鎖，需手述治療。
四、幽門痙攣
其嘔吐特點是嘔吐時間不規則，呈間歇性，每次嘔吐量不多。隨著小兒的發育，嘔吐可逐漸減輕，孩子發育不受影響。嘔吐嚴重時可口服0.1阿托品溶液。
五、先天性肥厚性幽門狹窄
主要由小兒幽門周圍的肌肉肥厚造成的。其特點是生后頭兩周吃奶不止，而在生后2-3周時，吃奶不久便呈噴射性嘔吐，嘔吐物可噴出數十厘米，嘔吐物中可有隔夜的奶，但無膽汁。嘔吐癥狀可隨月齡增長而加重，同時患兒體重逐漸下降。此病也需手術治療。
六、先天性巨結腸
病因主要是直腸肌肉間的神經節細胞缺損或發育不良，造成了直腸上部的結腸擴大。患兒先是腹脹，以后發生嘔吐，初期吐的是奶汁、膽汁，之后吐糞便。腹脹如鼓，通常不能排便，需灌腸后方可排出。糞便積存時患兒便嘔吐，吐出后嘔吐即消失。此病需經直腸測壓或鋇灌腸X光照相才能確定診斷，然后根據具體病情決定采取用保守療法還是手術治療。
能引起新生兒嘔吐的疾病還有先天性腸旋轉不良，環狀胰腺及新生兒顱內出血等，但較少見。總之，新生兒嘔吐，尤其是反復頻繁嘔吐切不可等閑視之。