手足口病一年四季均可見到，以夏秋季較多。發病初期先有發熱、咳嗽、
流涕和流口水等像上呼吸道感染一樣，有的孩子可能有惡心、嘔吐等癥狀。以后手、足的指及趾背部出現橢圓形或梭形的水泡，皰的周圍有紅暈，水皰的液體清亮，水皰的長軸與皮紋是一致的。然后水皰的中心凹陷、變黃、干燥、脫掉(脫屑)。另外指、趾端有散在的比較堅硬的淡紅色丘疹或者皰疹。同時，在口腔里，如嘴唇、舌、口腔粘膜、齒齦上也有散在的水皰，但口腔里的水皰很快破潰而形成灰白色的小點或灰白色的一層膜，其周圍有紅暈，在灰白色的膜下可以見到點狀或片狀的糜爛面。手足口病是由病毒感染引起的，感染源為皰疹液、咽喉分泌物、糞便污染的手、玩具、食具等。它的潛伏期是3—8日。
能引起手足口病的病毒包括柯薩奇(COXAOHIE)病毒A組16、5、9、10型，B組2、5型，新腸道病毒71型以及皰疹病毒、腺病毒等。本病全年都可發生，其中6～8月份為發病高峰。
手足口病起病一般較急，患兒常有發熱，體溫38℃～40℃，熱程多為4～7天，7天以上者少見。病初部分患兒多伴有流涕、咽痛、厭食、嘔吐、腹瀉等癥狀。病后不久在患兒手足遠端部位如手指、手掌、足趾以及口腔出現紅色小丘疹，并迅速轉為小皰疹，直徑2-4mm，如米粒大小，呈圓形、橢圓形，周圍有紅暈。此種皮疹有時在患兒臀部及肛周也可見到。在臨床上本病以手、足、口腔皰疹為主要特征，故通稱為手足口病。口腔皰疹多分布在舌、頰黏膜、口唇、硬腭、咽、扁桃體等處，并很快變成小潰瘍，患兒流涎(流口水)吃東西時痛，甚至影響進食。
極少數重癥患兒可出現精神不振，嗜睡、頻吐、甚至抽搐，也有的患兒表現為煩躁不安、呼吸困難、心前區不適、心動過速、心動過緩、腹痛、手腳發涼等。如出現這些情況多提示病情較重，可能并發了腦炎、腦膜炎、心肌炎等病癥。