巨肢(指)的治療至今尚無良策，較多的是以切除增生的組織為主，也應用遏止骨骼生長的骺板切除術。穩定型的巨指畸形除為了美觀需要外，多不需治療。為避免功能和形態的繼續損害，宜盡可能早的進行手術。提倡1歲時即手術，治療方法的選擇隨畸形的類型。范圍和嚴重程度而異。治療方法主要包括：
1.軟組織切除術
在手指皮膚血供不受影響的情況下盡可能多地切除過度生長的皮膚及皮下組織，使巨肢(指)體積縮小。
2.神經剝離切除及神經減壓
有的巨指癥與指神經的生長有關，因此剝離、切除皮膚皮下組織的同時，應切除指神經的分支保留指神經的主干，可達到治療目的;或切除“神經區域”的指神經，同時應用游離神經移植，以恢復部分感覺功能。巨肢(指)癥伴有正中神經生長失控時，造成正中神經在腕管受壓，可行腕管切開正中神經減壓術。
3.截骨術及骨骺遏止術
指骨或掌骨的過度生長，形成過長、過粗或彎曲畸形，使用橫向截骨術使指骨縮短、縱向截骨使手指變薄或變窄、楔形截骨可矯正彎曲畸形，改善手指外觀。對兒童和青少年，可通過骨骺阻滯的方法阻止手指的縱向生長。
4.截指術
對嚴重影響功能及外形的巨指，無法采用上述縮小術時，可選用截指術，但截指術要慎重。肥大的拇指截除后，可行示指拇指化術以重建功能。