如果經免疫檢查發現有抗精子抗體，在治療方面，中西醫治療各具優勢，臨床顯示，中西醫結合治療效果更佳。
在西醫治療方面，因過敏而引起免疫性不孕的夫妻，性交時男方使用安全套半年到一年的時間，以隔絕女性生殖道和精子的接觸，使抗體逐漸消失，不失為一種簡便而實惠的方式;不過如果抗體持久存在，此舉則意義不大。另外，男女都可以采用免疫抑制劑進行治療(專家建議，男性若由于睪丸炎、附睪炎等炎癥引起的免疫性不育，需同時積極治療原發疾病)，在體內抗精子抗體下降至一定程度時同房，以增加受孕機會;不過，這種方式也存在局限性，如免疫抑制劑如果采用小劑量，則療程長且療效欠佳;劑量大則副作用大，并且長期使用可引發嚴重的并發癥。
中醫方面認為不孕癥與“氣滯血淤”有關，講究“行氣、活血、化淤、補腎”，近年來又進一步提出還需“清熱、利濕、解毒”。女性不孕患者一般可分為腎虛、肝郁、血淤、痰濕四型進行治療。腎虛型主要表現為腰骶疼痛、夜尿頻繁、帶下清稀、月經失調。肝郁型表現為煩躁、抑郁不樂、肋部痛、口苦等。血淤型表現為經期疼痛、平時小腹也作痛，疼痛區固定，壓按則痛感劇烈，舌暗紫脈澀。痰熱型主要表現為閉經、月經不調、形體肥胖、帶下粘稠、腥臭、舌苔白膩等。對于免疫性不孕患者，如伴有生殖道炎癥，患者在首先治好生殖道炎癥的前提下，可采用中藥攻補兼施的方法進行治療，療效尚佳。
如果以上方法都未能成功，不防試行子宮腔內人工受精，該方法是采用特殊的精子洗滌液將精子表面附著的抗體洗去，將抗體的有害作用減少到最低進行人工授精以達到受孕的目的，這種方法也是醫學界公認的一種治療免疫性不孕的有效方法。
目前還有些不明原因的免疫性不孕，經過各種檢查，女方能排卵、輸卵管通暢、男方精液正常，但不能生育的，可考慮是否還有其他免疫問題或卵巢功能不正常未能查及;有時心理上存在某種障礙也可能導致不育，抱養孩子就自然懷孕這種例子也不少見。