1.血象
潰瘍型腸結核可有中度貧血。無并發癥者白細胞計數正常，但淋巴細胞增多。90%的患者血沉明顯增快。
2.糞便檢查
潰瘍型腸結核糞便外觀糊狀，無黏液膿血，鏡檢可見少量膿細胞和紅細胞。糞便濃縮找到MTB同時痰菌陽性具有診斷意義。合并肺結核者痰菌可陽性，對診斷有參考意義。
3.結核菌素試驗
可為陽性或強陽性，強陽性對增生型腸結核診斷意義較大。
4.聚合酶鏈式反應
聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction，PCR)又稱DNA體外擴增技術。PCR技術在基因水平上為結核病原學快速、敏感、特異診斷開辟了新的途徑。
影像學檢查
1.X線檢查
X線鋇餐造影包括雙重對比或鋇劑灌腸檢查對腸結核的診斷具有重要意義。鑒于鋇餐檢查除可明確胃腸的器質性病變外，還可了解其功能性障礙，故應屬首選。
對有并發腸梗阻者，最好進行鋇劑灌腸，因為鋇餐可以加重腸梗阻，往往促使部分性腸梗阻演變為完全性腸梗阻;對病變累及結腸的患者宜加用鋇劑灌腸檢查，常可更滿意地顯示結腸器質性病變。
2.乙狀結腸鏡和纖維結腸鏡檢查
一般腸結核患者不作為常規檢查措施，但在重癥患者病變涉及乙狀結腸下段或直腸者。
可借助乙狀結腸鏡檢查和直視下采取活組織檢查，以明確潰瘍的性質與范圍，對診斷與鑒別診斷有很大的幫助，用纖維結腸鏡檢查可察看升結腸，盲腸和回腸末段的病變，并可作活組織檢查及照相等，對本病診斷有重要價值。
病變部可見腸壁僵硬黏膜充血、水腫，觸碰易出血，結節狀或息肉樣隆起，有時可見邊緣不規則的潛行潰瘍，黏膜活檢可有結核結節及干酪樣壞死或查到抗酸桿菌是確診最有力的依據。
3.腹腔鏡檢查
對腹腔無廣泛粘連，而診斷又十分困難的病例，可以考慮做腹腔鏡檢查，病變腸段漿膜面可能有灰白色小結節，活檢有典型的結核改變。