一旦確診脊柱結核，入院后應先系統抗結核治療，療程一般為2周，尤其是合并肺結核的病人，一般入院至少需抗結核治療2周或更長時間，體溫趨于正常，結核癥狀趨于穩定方可手術。否則易導致結核菌播散，尤其是體弱或合并其它疾病的人。
其用藥原則是：早期、聯合、全程、規律、適量。
1.全效殺菌藥
①異煙肼(INH)：為首選藥和必選藥，運用于全身各部位的結核病。該藥副作用小，周圍神經炎可用維生素B6防止;可引起精神興奮，癲癇兒慎用;少數病人可引起肝細胞性黃疽。②利福平(RFP)：是對耐藥菌感染及短程化療的主要藥物。飯后服或與對氨柳酸、巴比妥類同服減少本藥吸收，故應空腹服用。本藥可致胃腸反應，與INH合用對肝損害增加，偶可引起過敏反應，如發熱、皮疹等。服該藥時排泄物呈紅色。
2.半效殺菌藥
①鏈霉素(SM)：低濃度抑菌、高濃度殺菌。該藥對平衡器官及聽力有損害，且是不可逆的。同時靜脈使用右旋糖酐及速尿時，易引起腎功能損害并加重對第八對腦神經毒性反應。②比嗪酰胺(PZA)：為短程化療的主要藥物之一，對預防結核病復發有特殊作用。口服易吸收。副作用是肝損害、胃腸癥狀，少數有高尿酸血癥等。
3.抑菌藥乙胺丁醇(EMB)
對耐藥的結核菌同樣有抑菌作用。口服吸收好。副作用為球后視神經炎，停藥后可消失，胃腸反應，下肢麻木等。