灰指甲常是由真菌感染而發生的，預防灰指甲就是要預防甲真菌的滋生。日常生活要注意手足的清潔干燥，腳趾縫不宜保持干燥，容易滋生真菌，感染趾甲，每天洗腳時應逐一搓洗腳趾縫，清除腳趾縫中的死皮和臟泥，洗腳后要用專用毛巾擦干雙腳，注意拭干腳趾縫，不要任其自然風干。
鞋襪每日與腳密切接觸，容易吸收腳部的汗液，潮濕的鞋襪容易滋生真菌，感染趾甲。因此，鞋襪必須做好清潔、干燥處理。選擇襪子時，應選用透氣性、吸水性較好的全棉襪，每日更換清洗，清洗襪子時盡量用沸水燙洗。鞋子應選擇透氣性好的，下雨天要穿膠鞋，保持鞋子內部的干燥。平時鞋子應勤換，換下來的鞋子應在陽光下或通風處晾曬，可以起到殺菌消毒的作用。有些人用消毒水噴灑鞋襪或撒腳氣粉，這樣可能會損害腳部皮膚，不建議長期使用。
灰指甲常與手足癬共同存在，互相影響。手足癬患者只要指甲受到外傷或微小挫傷，真菌就會乘虛而入，感染甲組織。而手足癬治愈后仍會受到灰指甲的真菌感染，導致疾病復發，因此，灰指甲和手足癬要一同治療。