大多數肝囊腫并無癥狀，常在體檢時發現。但也有一些患者感到腹部不適或疼痛，這可能是由于囊腫位置表淺易與膈肌或腹膜磨擦所致。一般講，這種肝囊腫引起的疼痛并不嚴重。巨大肝囊腫也可擠壓周圍臟器，使患者感到腹部不適或脹滿、甚至影響消化和呼吸。 對于大多數患者來說，其所患肝囊腫均為小的肝囊腫，其最大直徑均不超過3厘米。
肝囊腫與肝血管瘤一樣，不是腫瘤，不長大、不惡變，對肝囊腫患者無威脅，不要緊。所謂“不要緊”是意味著“不急”和不需要處理。另外，肝囊腫與肝血管瘤相比，更無破裂之憂。這是因為即使囊腫破裂，流出的液體也對人體無害。事實是肝囊腫甚少自發破裂。但肝囊腫患者仍需定期隨訪，每年做1-2次B超是需要的。 至今，尚未發現肝囊腫的形成與某些食物的關系，因此肝囊腫患者不需要忌口。也尚未發現家務、運動、工作對肝囊腫生長有促進作用，因此肝囊腫患者不需要改變自己的生活習慣及工作環境。