肥厚型心肌病的自然病史有高度變異。肥厚型心肌病起病緩慢，起始多年無癥狀，多數患者可長期生存，但猝死可發生于病程的任何階段，年病死率約為3.5%。據報道，50%-70%的肥厚型心肌病患者隨訪數年病情仍穩定，約20%-30%的病例死亡或惡化，年病死率為1%-4%。約2/3的肥厚型心肌病患者病情可穩定或經治療后改善，而1/3肥厚型心肌病患者癥狀有惡化。
肥厚型心肌病預后與年齡有關。兒童患者預后較差，Maron等報告對一組非對稱性室間隔肥厚患兒隨訪7年，30%病情惡化，另30%死亡。老年患者常無癥狀或有輕度癥狀，多在60-70歲后癥狀加劇，預后較好。Mckenna等報告254例肥厚型心肌病患者年齡和預后的關系：兒童患者常無癥狀，但年病死率高達59%，常有猝死的家族史;青春期和成人(15-45歲)，年病死率為2.5%，有昏厥史者預后不良;年長成人(45-60歲)，年病死率為2.6%。伴有氣急和勞力性胸痛是預后嚴重的表現。
心尖肥厚型心肌病的預后可能較其他類型好，心功能障礙程度多較輕，猝死率低。據Webb等1990年報道對26例患者進行1-22年(平均7.3年)的隨訪，絕大多數預后良好，無1例死亡。觀察期間21/26仍保持病情穩定或無癥狀，1例冠狀動脈正常但發生了心尖心肌梗死，以后發展成室壁瘤，此例也成為一例證明有致命性心律失常的患者。
平時生活中有很多可以保護我們健康的方法，但是也有很多可以危害我們的因素，我們要避開這些致病因素，找出保護我們健康的方法。任何疾病都有保健的方法，能夠使患者在治療后有一個恢復的過程，患者必須知道這種方法，不然治療效果就會打折扣。這種疾病是我們比較熟悉的疾病，對人們的健康威脅已經很大，所以我們要做好疾病的保健與治療，幫助患者恢復健康。