慢性結直腸炎由于病因不明，病程長，反復發作，故在治療上亦十分棘手。我院肛腸科采用中西醫結合獨特治療方案，收治大量慢性結、直腸炎病人，均取得較好的療效。治療方法如下：
1、中藥治療
應以健脾補腎、益氣除濕為治本之法，清熱解毒，活血化瘀為治標之用，辨證施治，最忌長期應用大苦大寒之劑，亦可配合中藥針如麥注參麥注射液、黃芪注射液等靜滴以扶正。
2、西藥治療
根據患者具體情況，如炎癥明顯時可短期使用抗生素，配合口服麗珠腸樂、得舒特等藥物調節腸道功能。
3、中西藥結合灌腸
采用獨有中藥配方“腸炎I號方”配合西藥研粉混合保留灌腸，經臨床驗證療效滿意。
4、心理治療
該病患者常有焦慮、憂郁、緊張、多疑等精神心理改變，嚴重者可予抗抑郁治療。
5、其它治療
如①營養飲食治療：可予高營養、低脂、少渣易消化飲食，或囑患者可予山藥、白扁豆、苡米等煮粥，常食健脾養胃;②高壓氧治療：對潰瘍性結腸炎患者療效尢