新生兒敗血癥的治療方法有許多。新生兒敗血癥早期正盛邪實，治療應以祛邪為主，病情進展，正氣漸虛，治疔當以扶正祛邪，回陽固脫。
一、辨證治療
1.正盛邪實
治法：清熱解毒涼血。
方藥：黃連解毒湯合犀角地黃湯加減。水牛角、生地、丹皮各9g，赤芍、黃芩、黃柏各6g，梔子、甘草各3g，黃連1.5g。黃疸重加茵陳、柴胡;抽搐加鉤藤、石菖蒲;衄血、便血加白茅根、仙鶴草。
2.正不勝邪
治法：益氣溫陽祛邪。
方藥：四逆湯加減。生地、敗醬草各6g，人參、炙甘草各3g，附子2g，干姜1.5g。出血明顯加阿膠珠、白芍;額出冷汗加黃芪。
二、專方驗方
1.清宮粉
廣郁金30g，生山梔30g，寒水石30g，黃芩30g，黃連3g，玳瑁30g，琥珀1.5g，朱砂1.5g，冰片9g。共研極細末，過篩為散。每服3g，每日2次。適用于本病見驚厥者。
2.火府丹
生地1Og，木通6g，黃芩1Og，甘草3g。水煎服，每日1劑，分2次服。適用于本病高熱者。
3.銀翹生脈散
銀花6g，連翹6g，人參6g，陳皮3g，麥冬4g，五味子4g。水煎服，每日1劑，分3次服。適用于本病由肺炎引起者。
4.茵陳茅根湯
茵陳1Og，白茅根15g，茯苓6g，車前草6g，豬苓5g。水煎服，每日1劑，分3～4次服。適用于本病伴黃疸者。