小兒缺鐵性貧血的治療原則與成人缺鐵性貧血的治療相同，即以補充鐵劑為主。小兒鐵劑治療可以采用同樣的含鐵藥物，如硫酸亞鐵、富馬酸鐵、葡萄酸亞鐵、琥珀酸亞鐵或血紅素鐵等。小兒鐵劑的應用劑量以元素鐵進行計算，每日每公斤體重6mg，折算成硫酸亞鐵為每日30mg，每日量分2次或3次口服。硫酸亞鐵對胃腸道有刺激，可以引起惡心、食欲不振、甚至嘔吐，這類反應在年齡較大者發生多，年齡越小發生越少。為減少反應，可以飲后服藥。服藥后反應重的小兒可以適當減少服藥劑量。服藥至血紅蛋白達正常水平以后2個月再停藥，以補充體內鐵的貯存量。
一般的小兒缺鐵性貧血不需要輸血治療。重度貧血伴有心功能不全時輸血可以使心功能不全得到較快改善。缺鐵性貧血合并較重感染者也要給予輸血，以保證感染的治療能夠順利進行。小兒輸血量與貧血程度有關，貧血越重，每次輸血量越小，輸血速度也要越慢。
最后應當注意的是，要去除引起缺鐵性貧血的原因，比如改善喂養情況等。