目前對本癥尚無有效預防方法。為降低發生率，預防應從孕前貫穿至產前出生，如：
1、婚前體檢，預防出生缺陷率。作用大小取決于檢查項目和內容，主要包括血清學檢查(如乙肝病毒、梅毒螺旋體、艾滋病病毒)、生殖系統檢查(如篩查宮頸炎癥)、普通體檢(如血壓、心電圖)以及詢問疾病家族史、個人既往病史等，做好遺傳病咨詢工作。
2、孕婦盡可能避免危害因素，包括遠離煙霧、酒精、藥物、輻射、農藥、噪音、揮發性有害氣體、有毒有害重金屬等。妊娠期產前保健的過程中進行系統的出生缺陷篩查，包括定期的超聲檢查、血清學篩查等，必要時還要進行染色體檢查。一旦出現異常結果，需要明確是否要終止妊娠。胎兒宮內的安危、出生后是否有后遺癥，是否可治療，預后效果如何等等。采取切實可行的診治措施。
3、改善環境，本癥與環境污染、農作物大量使用化肥和促生長劑有一定的關系，尿道下裂在歐美報道有上升之勢，國家應下加強治理和防止環境污染問題。