小兒腹瀉病是一組多病因，多因素引起的疾病，感染是主要原因
其病原有細菌，病毒，真菌等，需要抗感染治療，但是抗菌藥物尤其是廣譜抗生素的長期應用會導致腸道菌群紊亂，使腹瀉加重或遷延不愈。目前國內腹瀉治療中濫用抗生素的現象已引起各方面的關注。
原因
正常人腸道有100～400種細菌，包括有益菌和有害菌。有益菌95%是雙歧桿菌，有害菌如大腸桿菌，綠膿桿菌，金葡萄，腸球菌，白色念珠菌等，健康情況下它們并不致病。有益菌與有害菌之間相互制約，互相協調，維持正常微生態平衡，并且還能阻擋外襲菌的入侵，從而維護機體的健康。如果一旦環境變化或長期應用抗生素，有益菌就被抑制，其數量急劇減少或消失，有害菌增多，腸內菌群發生混亂導致腹瀉不愈及繼發真菌性腸炎。
對策
(1)對于病毒性感染目前無特效藥物，以對癥處理為主，確診為病毒性腸炎如輪狀病毒腸炎，不必投用抗生素，其病程短，可以自愈。
(2)細菌性腹瀉中產生腸毒素而致病者，如產生腸毒素致病性大腸桿菌腸炎可不必用或少用抗生素。抗生素僅適合于侵襲性細菌感染，如志賀痢疾桿菌，空腸彎曲菌，沙門菌等。對于大便中混有粘液血便，大便鏡檢白細胞明顯增多，伴有腹疼里急后重者需要用抗生素，輕型病人可選用黃連素，慶大毒素口服，重癥者選用氟哌酸，氟嗪酸，環丙氟哌酸以及氨芐西林，多粘菌素等，頑固耐藥的鼠傷寒沙門菌，可選用第三代頭孢菌素聯合丁胺卡那或環丙氟哌酸。
(3)一旦出現腸道菌群紊亂或繼發真菌性腸炎時，應停用護一素，給以微生態制劑如雙歧桿菌活菌制劑，乳酸桿菌，糞鏈球菌活菌制劑，以便扶植腸道正常菌，恢復正常微生態平衡，抵御外來病原菌入侵。合并真菌性腸炎，還可加用制毒素口服。