沒有單一的檢查能明確診斷自身免疫性肝炎，但多種方法聯合能為正確診斷提供依據。為正確診斷自身免疫性肝炎，排除慢性肝炎的其他病因是最重要的，必不可少的，如病毒性肝炎、原發性膽汁性肝硬化、血色病、飲酒過度，以及藥物引起包括中草藥制劑引起的肝臟疾病。

　　與其他肝臟疾病比較，如慢性丙型肝炎或血色病，自身免疫性肝炎的肝功檢查指標的升高水平、癥狀的嚴重程度經常(盡管不全是這樣)與肝臟的破壞和炎癥程度相關。很多病人治療后癥狀明顯好轉以及肝功檢查指標恢復正常可以有效地證明或是肯定自身免疫性肝炎的診斷。但當肝功檢查指標、自身免疫的血液檢測、基因標志物、肝臟活檢這些檢查結果一起評估時，通常用來確定自身免疫性肝炎的診斷。

　　肝臟功能檢查

　　有代表性的是，大部分病人轉氨酶(AST和ALT)水平升高，GGTP和堿性磷酸酶(AP)的水平正常或者接近正常。如果堿性磷酸酶水平非常高，而轉氨酶水平正常或者輕度的升高，那么就應該考慮自身免疫性肝炎以外的其他疾病。

　　在嚴重的自身免疫性肝炎病例，轉氨酶的水平明顯增高。轉氨酶可以升至正常值的10~20倍。比如AST和ALT可以達到大約400~800IU/L，膽紅素水平可達到大約1Omg/dl。病情較輕的病例的肝功指標只是輕度升高，大約在60~200IU/L，膽紅素水平是正常的。鑒于在上述的任何一種情況下，肝功指標都是升高的，所以還應對病人做其他對自身免疫性肝炎更特異的血液檢查。

　　特異性的自身免疫血液檢查

　　特異性的自身免疫的血液檢查包括免疫球蛋白水平檢測，尤其是γ球蛋白水平和IgG水平升高超過正常上限的2倍高度提示為自身免疫性肝炎。另外，抗核抗體(ANA)和抗平滑肌抗體(SMA)的有無，以及抗肝腎微粒體自身抗體(anti-LKMAb)必須檢測。如前所述，這些抗體都被認為是自身抗體。

　　自身免疫性肝病

　　自身抗體并不會引起自身免疫性肝炎。但是患自身免疫性肝炎的機體產生很多典型的自身抗體，ANA和SMA最為常見，被認為是自身免疫性肝炎的“標志物”。但它們對于自身免疫性肝炎并不特異。這意味著它們在除自身免疫性肝炎之外的其他肝病及其他器官的疾病中也出現。接近54%的自身免疫性肝炎患者血中同時存在ANA和SMA。其余的患者有這些自身抗體中的一種，而非兩種。13%的自身免疫性肝炎中ANA可以單獨作為標志物出現，SMA單獨作為標志物出現的概率為33%。兩種自身抗體的同時存在并非診斷自身免疫性肝炎所必需。事實上，有人可能沒有所有這些自身抗體，但仍患有自身免疫性肝炎。這種情況發生在10~20%患有自身免疫性肝炎的人群中。這些人被認為患有自身抗體陰性的自身免疫性肝炎(Ⅲ型自身免疫性肝炎)。