根據患者以往的病史，臨床表現和體征，診斷分泌性中耳炎一般不難，必要時可通過無菌操作下進行診斷性鼓膜穿刺抽液確診。分泌性中耳炎應與以下疾病相鑒別。
鼻咽部腫瘤
對頑固性單側分泌性中耳炎成人患者，應詳細詢問其與鼻咽部腫瘤有關的病史，要特別警惕鼻咽癌的可能。所以細致檢查鼻咽部應該建議作為分泌性中耳炎的常規檢查。
前庭外淋巴漏
患者大多有中耳損傷史或鐙骨手術史，往往伴有眩暈癥狀。必要時應抽出中耳積液進行化驗，通過明確液體性質而確診前庭外淋巴漏。
腦脊液耳漏
患者因顳骨骨折或顱底骨折伴有腦脊液漏，但鼓膜無損害，因為腦脊液聚積在鼓室內，所以產生類似分泌性中耳炎的臨床癥狀。明確的頭部外傷史、顳骨X線、顳骨骨折的陽性體征、CT檢查和中耳積液化驗結果均有助于確診。
粘連性中耳炎
癥狀與分泌性中耳炎相似，但病史一般較長，聽力損失較重且咽鼓管吹張沒有改善，鼓膜緊張部萎縮并與聽骨鏈、鼓室內壁粘連。鼓膜像和CT檢查無鼓室積液改變。