急性腎盂腎炎患者感染嚴重或者并發腎臟疾病、尿路感染時，應住院進行治療，給予特殊治療方法，以免延誤病情，導致病情加重以及復發，病情較輕的患者可給予一般治療，如臥床休息，靜脈補液等。
急性腎盂腎炎的特殊治療
病情較重的患者應住院治療，并且應立即采集血、尿標本進行培養，確定致病菌后作抗生素敏感試驗。確定致病菌前也應給予抗菌藥物治療，一般常選用一種氨基甙類加氨芐青霉素靜脈給藥。
若患者體內的致病菌對抗菌藥物敏感，則可起到治療效果，常繼續治療1周，然后改用適當的抗菌藥物口服2周。治療的同時應及早發現及治療并發癥，如尿路梗阻、結石感染等。
急性腎盂腎炎的一般治療
病情較輕的患者癥狀消失前應臥床休息，疼痛發熱和惡心等癥狀可用藥物對癥處理，同時患者應多喝水或靜脈補液，以維持足夠的體液和尿量。
另外，經過48小時~72小時治療后病情仍無改善的患者，應作排泄性尿路造影檢查，有禁忌癥時則采用逆行尿路造影，否則并發于尿路梗阻的急性腎盂腎炎可引起菌血癥以及嚴重的腎臟損害。