腎盂腎炎是常見的上尿路感染性疾病，多種致病菌都引發此病，臨床上針對急性腎盂腎炎、再發性腎盂腎炎及慢性腎盂腎炎，需針對具體病情采用不同藥物進行治療。
急性腎盂腎炎
急性腎盂腎炎應在留取尿標本作常規和細菌培養后，立即給予對革蘭陰性桿菌有效的藥物治療，常用的藥物輕者用口服頭孢噻肟、頭孢曲松等;中、重度者靜脈給藥或聯合給藥，可用喹諾酮類、氨基糖苷類藥、頭孢噻肟、頭孢曲松、頭孢哌酮及β-內酰胺酶抑制藥等。對耐藥菌株或L型細菌，碳青霉烯類亞胺培南- 西司他丁鈉(泰能)可收到良好的治療效果。藥物選擇得當，24小時內見效，若72小時無效應按細菌培養藥敏試驗結果調整用藥。總療程2周。停藥后1周、1 個月應復查尿常規和細菌培養。
再發性腎盂腎炎
再發性腎盂腎炎為復發和重新感染引起，其中重新感染占80%。每半年再發2次或每年再發3次者，又被稱為反復發作性腎盂腎炎。再發性腎盂腎炎應按急性腎盂腎炎選用抗生素，頻繁發作者應注意預防或用長療程小劑量抑菌藥。若無效可根據藥物敏感試驗用小劑量抑菌法治療半年以上。并應注意對以下情況的處理：①前列腺增生的男性患者，或糖尿病患者膀胱壁增厚肌束增生形成小梁，老年婦女膀胱頸肥大尿路梗阻患者，除用抗生素外，應酌情予改善尿路梗阻的措施;② 對于生物膜性感染癥，大環內酯類和喹諾酮類藥物有效，需長期置管者應投以小劑量抗生素抑菌法，并定期行膀胱沖洗;③一些慢性疾病患者合并反復發作的中、重度腎盂腎炎，可適量靜脈滴注免疫球蛋白等。
慢性腎盂腎炎
對慢性腎盂腎炎的治療，重要的是對易感因素的治療;對急性發作期的治療則與急性腎盂腎炎的治療相同，但腎功能不全者使用某些藥物要根據內生肌酐清除率調節藥量。對無癥狀帶菌者可用小劑量抑菌法治療。由于慢性腎盂腎炎具有局灶腎間質纖維化和腎小管萎縮，小血管壁增厚、管腔狹窄等病理改變，為保護腎功能應注意改善微循環，改善腎臟的血運供應，阻止纖維化的發生。