根據慢性腹痛，腹瀉、粘液膿血便。反復糞便檢查無病原體，應考慮此病，進一步應作X線鋇劑灌腸和結腸鏡檢以助確診。本病需與以下疾病相鑒別。
一、慢性菌痢
常有急性菌痢病史，糞便及結腸鏡檢查取粘液膿性分泌物培養痢疾桿菌的陽性率較高，抗菌藥物治療有效。
二、阿米巴痢疾
糞便檢查可找到阿米巴滋養體或包囊。結腸鏡檢查潰瘍較深，邊緣潛行，潰瘍間結腸粘膜正常，于潰瘍處取活檢或取滲出物鏡檢，可發現阿米巴的包囊或滋養體。抗阿米巴治療有效。
三、直腸結腸癌
發生于直腸之癌腫，行肛指檢查可觸及包塊，纖維結腸鏡取活檢X線鋇劑灌腸檢查對鑒別診斷有價值。
四、潰瘍性結腸炎和克隆病的鑒別
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五、血吸蟲病
有疫水接觸史，肝腫大，糞便檢查可發現血吸蟲卵，孵化毛蚴陽性，結腸鏡檢查可見腸粘膜有黃色顆粒狀結節，腸粘膜活檢可發現血吸蟲卵。
六、腸激惹綜合征
為結腸功能紊亂所致。糞便可有大量粘液但無膿血，常伴有神經官能癥，X線鋇劑灌腸及結腸鏡檢查無器質性病變。