胰腺癌應與胃部疾病、黃疸型肝炎、膽石癥、膽囊炎、原發性肝癌、急性胰腺炎、壺腹癌、膽囊癌等病進行鑒別。
1.各種慢性胃部疾病
胃部疾患可有腹部疼痛，但腹痛多與飲食有關，黃疸少見，利用X線鋇餐檢查及纖維胃鏡檢查不難作出鑒別。
2.黃疸型肝炎
初起兩者易混淆，但肝炎有接觸史，經動態觀察，黃疸初起時血清轉氨酶增高，黃疸多在2～3周后逐漸消退，血清堿性磷酸酶多不高。
3.膽石癥、膽囊炎
腹痛呈陣發性絞痛，急性發作時常有發熱和白細胞增高，黃疸多在短期內消退或有波動，無明顯體重減輕。
4.原發性肝癌
常有肝炎或肝硬化病史、血清甲胎蛋白陽性，先有肝腫大，黃疸在后期出現，腹痛不因體位改變而變化，超聲和放射性核素掃描可發現肝占位性病變。
5.急慢性胰腺炎
急性胰腺炎多有暴飲暴食史，病情發作急驟，血白細胞、血尿淀粉酶升高。慢性胰腺炎可以出現胰腺腫塊(假囊腫)和黃疸，酷似胰腺癌，而胰腺深部癌壓迫胰管也可以引起胰腺周圍組織的慢性炎癥。腹部X線平片發現胰腺鈣化點對診斷慢性胰腺炎有幫助但有些病例經各種檢查有時也難鑒別，可在剖腹探查手術中用極細穿刺針作胰腺穿刺活檢，以助鑒別。
6.壺腹周圍癌
壺腹周圍癌比胰頭癌少見，病起多驟然，也有黃疸、消瘦、皮癢、消化道出血等癥狀。而壺腹癌開始為息肉樣突起，癌本身質地軟而有彈性，故引起的黃疸常呈波動性;腹痛不顯著，常并發膽囊炎，反復寒戰、發熱較多見。但兩者鑒別仍較困難，要結合超聲和CT來提高確診率。壺腹癌的切除率在75%以上，術后5年存活率較胰頭癌高。