典型的病程可分為下列4期。

　　(1)初期

　　病初3天即病毒血癥期，起病急，一般無明顯前驅癥狀，可有發熱、神萎、食欲不振、輕度嗜睡，大兒童可訴有頭痛，嬰幼兒可出現腹瀉，體溫在39℃ 左右，持續不退，此時神經系統癥狀及體征常不明顯而誤為上感，少數患者出現神志淡漠，激惹或頸項輕度抵抗感。

　　(2)極期

　　病程3～10天，此期患者除全身毒血癥狀加重外，突出表現為腦損害癥狀明顯。

　　①高熱：體溫持續升高達40℃以上并持續不退直至極期結束，高熱持續7～10天，輕者短至3～5天，重者可3～4周以上，一般發熱越高，熱程越長，臨床癥狀越重。

　　②意識障礙：患者全身癥狀加重，且出現明顯的神經系統癥狀和體征，患者意識障礙加重，由嗜睡轉入昏迷，發生率50%～94%，昏迷愈早、愈深、愈長，病情愈重，持續時間大多1周左右，重癥者可達1個月以上。

　　③驚厥：發生率40%～60%，是病情嚴重的表現，重者驚厥反復發作，甚至肢體強直性痙攣，昏迷程度加深，也可出現錐體束癥狀及四肢不自主運動。

　　④神經系統癥狀和體征：乙腦的神經系統癥狀多在病程10天內出現，第2周后就少出現新的神經癥狀，常有淺反射消失或減弱，深反射先亢進后消失，病理性錐體束征如巴賓斯基征等可呈陽性，常出現腦膜刺激征。

　　⑤腦水腫及顱內壓增高：重癥患者可有不同程度的腦水腫，引起顱內壓增高，發生率25%～63%，輕度顱內壓增高的表現為面色蒼白，劇烈頭痛，頻繁嘔吐，驚厥，血壓升高，脈搏先加速后減慢，早期神志清楚但表情淡漠，并迅速轉入嗜睡、恍惚、煩躁或譫妄，呼吸輕度加深加快。

　　⑥呼吸衰竭：發生在極重型病例，發生率15%～40%，極重型乙腦因腦實質炎癥、缺氧、腦水腫、腦疝、低血鈉腦病等引起中樞性呼吸衰竭，其中以腦實質病變為主要原因。

　　高熱、驚厥、呼吸衰竭是乙腦極期的嚴重癥狀，三者相互影響，尤為呼吸衰竭常為致死的主要原因。

　　⑦循環衰竭：少數乙腦患者可發生循環衰竭，表現血壓下降，脈搏細速，肢端冰涼并伴有嘔吐咖啡色液體。

　　大多數患者經3～10天極期病程后，體溫開始下降，病情逐漸好轉，進入恢復期。

　　(3)恢復期

　　此時患者體溫可在2～5天逐漸下降及恢復正常，意識障礙開始好轉，昏迷患者經過短期的精神呆滯或淡漠而漸轉清醒，神經系統病理體征逐漸改善而消失。部分患者恢復較慢，需達1～3個月以上。

　　(4)后遺癥期

　　后遺癥與乙腦病變輕重有密切關系。后遺癥主要有意識障礙、癡呆、失語及肢體癱瘓等，如予積極治療也可有不同程度的恢復。昏迷后遺癥患者長期臥床，可并發肺炎、褥瘡、尿道感染。癲癇樣發作后遺癥有時可持續終身。