大多數縱隔腫瘤需經手術切除。既使是良性的，進一步發展也可引起穿孔，腫瘤增大可壓迫周圍的臟器。所以最好手術摘除。惡性的縱隔腫瘤不僅需要手術，還應合并使用其他的方法。
預后方面，良性的當然效果好，與其他臟器的癌癥相比，即使是惡性的胸腺瘤，預后也較好。由于治療的進步，惡性淋巴瘤和惡性胚細胞性腫瘤的預后已有所改善。
由于縱膈腫瘤種類的不同，在療養上的注意點也不相同。在良性腫瘤，如果摘除了腫瘤，這以后不會留下任何問題。在惡性腫瘤，特別是惡性淋巴瘤、惡性胚細胞性腫瘤、胸腺癌等，需進行較長時間的輔助治療。
胸腺瘤可合并重癥肌無力癥和紅斑性狼瘡，手術后有必要持續進行更進一步的治療。對于重癥肌無力癥，可使用膽堿脂酶阻斷藥和類固醇進行治療，大約有40%可完全治愈，50%可有改善。對于紅斑性狼瘡主要采用類固醇來治療，約半數的患者癥狀可得到緩解。