大多數縱隔腫瘤需經手術切除。既使是良性的，進一步發展也可引起穿孔，腫瘤增大可壓迫周圍的臟器。所以最好手術摘除。惡性的縱隔腫瘤不僅需要手術，還應合并使用化療和放療以及其他的治療方法。
預后方面，良性的當然效果好，與其他臟器的癌癥相比，即使是惡性的胸腺瘤，預后也較好。由于化學療法和放療的進步，惡性淋巴瘤和惡性胚細胞性腫瘤的預后已有所改善。
由于縱膈腫瘤種類的不同，在療養上的注意點也不相同。在良性腫瘤，如果摘除了腫瘤，這以后不會留下任何問題。在惡性腫瘤，特別是惡性淋巴瘤、惡性胚細胞性腫瘤、胸腺癌等，需進行較長時間的輔助治療(化學療法)。
胸腺瘤可合并重癥肌無力癥和紅斑性狼瘡，手術后有必要持續進行更進一步的治療。對于重癥肌無力癥，可使用膽堿脂酶阻斷藥和類固醇進行治療，大約有40%可完全治愈，50%可有改善。對于紅斑性狼瘡主要采用類固醇來治療，約半數的患者癥狀可得到緩解。
此外，有條件的患者可選擇在術后做生物免疫治療。生物免疫治療是通過采集患者血液，在體外培養對腫瘤細胞具有很好的識別和抑制作用的免疫細胞 (DC+CIK)，然后回輸給患者，以達到提高患者自身免疫力、抑制腫瘤細胞擴散的作用。同時，還可以清除術后殘余腫瘤細胞，防治腫瘤的轉移與復發，對手術和發化療治療效果起到增強和輔助功效。