鑒別診斷心臟神經官能癥方法有心肌炎，通常在起病前1～2周有明確感染(病毒或細菌)病史，典型表現有心臟擴大、心音減弱、奔馬律、心電圖P-R間期延長，各類型心律失常等。
鑒別診斷心臟神經官能癥的方法1～2周有明確感染(病毒或細菌)病史，典型表現有心臟擴大、心音減弱、奔馬律、心電圖P-R間期延長，各種類型心律失常等。不典型或輕癥者較難鑒別。病原學檢查，例如血清病毒中和抗體滴定度，有輔助診斷價值。
二尖瓣脫垂綜合征，而且在以往被診斷為心臟神經官能癥的患者中有一小部分是二尖瓣脫垂而被誤診。仔細聽診在二尖瓣脫垂常可聽到收縮期喀喇音和收縮期雜音，而超聲心動圖檢查常可做出確切的診斷。
嗜鉻細胞瘤，鑒別并不困難。
心絞痛、老年男性居多，多數有冠心病發生的危險因素，例如高血壓、高膽固醇血癥、糖尿病、吸煙史。心絞痛常發生在體力活動、運動或情緒激動過程時，疼痛部位較固定，多為胸骨后，持續時間一般不超過3～5分鐘，含服硝酸甘油可緩解疼痛。如果僅從癥狀表現難以鑒別時，可作運動心電圖、核素心肌顯像檢查，必要時做冠狀動脈造影。
鑒別診斷心臟神經官能癥的方法有甲狀腺功能亢進癥、頸部血管雜音、雙手細顫動、突眼、怕熱與消瘦等，鑒別不困難。不典型表現時與心臟神經官能癥較難區別，測定血清T3、T4可做出診斷。