尖銳濕疣具有傳染度高、容易復發的特點，根據這個特征，對它的治療就不能像其它疾病那樣采用一種方法就能將HPV病毒扼殺。相比于中醫療法，西醫治療的療程更短、見效更快，也是臨床上采用最多的方法。
激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，對單發或少量多發疣體可行一次性治療，對多發或面積大的疣體可行2～3次治療，間隔時間一般為一周。
電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。本療法適應數量少，面積小的濕疣。
冷凍療法
利用-196℃低溫的液氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，操作簡便、高效，病人易耐受。本法適用于數量少，面積小的濕疣，可行1～2次治療，間隔時間為一周。
化學治療
(1)0.5%鬼臼毒素酊(或0.15%霜) 適用于治療直徑≤10mm的生殖器疣，臨床治愈率可達90%左右。用藥疣體總面積不應超過10cm2，日用藥總量不應超過0.5ml。用藥后應待局部藥物自然干燥。副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅腫、糜爛及壞死。另外，此藥有致畸作用，孕婦忌用。
(2)5%咪喹莫特霜 治療尖銳濕疣，疣體的清除率平均為56%。該療法的優點為復發率低，約為13%。出現紅斑不是停藥指征，出現糜爛或破損需要停藥并復診，由醫生處理創面及決定是否繼續用藥，副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅斑、糜爛。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未確立，孕婦忌用。
(3)80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸 需由醫生實施治療。使用時，在疣損害上涂少量藥液，待其干燥，此時見表面形成一層白霜。在治療時應注意保護周圍的正常皮膚和黏膜，如果外用藥液量過剩，可敷上滑石粉,或碳酸氫鈉(蘇打粉)或液體皂以中和過量的、未反應的酸。此藥不能用于角化過度或較大的、多發性以及面積較大的疣體。不良反應為局部刺激、紅腫、糜爛等。
溫馨提示：尖銳濕疣的發病多數跟不潔性行為有關，很多患者在不潔性行為后一個月內發現沒有發病而放松警惕，殊不知HPV病毒的潛伏期可長達3個月，一旦錯過了發病初期，也就失去了治療的最佳時機。