支原體和衣原體主要區別在于生物學構造和可誘發疾病不同，治療藥物也有差異。

支原體和衣原體都是不同于細菌和病毒的微生物，部分類型對人體有致病性，它們存在多方面差異。

一、生物學角度：支原體沒有細胞壁，而衣原體有細胞壁，所以能抑制細胞壁生成的青霉素等藥物對支原體感染無效，卻可用于治療衣原體感染。此外，支原體在形態上比衣原體小一些。

二、致病種類與疾病：致病的支原體有五種，如人型支原體和肺炎支原體等，感染可使人患上呼吸道感染、泌尿感染等；常說的衣原體主要是沙眼衣原體，感染可導致沙眼、鸚鵡熱以及泌尿感染等。

三、兩者關系：兩者在生物學構造上有顯著區別，是不同的微生物，但誘發的疾病有諸多相似之處，人體可同時感染這兩種微生物，也可單獨感染其中一種。

四、治療差異：治療時用藥不同，支原體多使用四環素類或大環內酯類藥物，衣原體感染多采用抗生素治療。

總之，支原體和衣原體在多個方面存在差異，在對其進行認識和應對時需要準確區分。