跑步時肩膀疼可能由以下原因導致：

一、肩膀過度疲勞：在跑步過程中，肩膀需持續發力以進行前后擺臂運動。如果跑步時間過長，會使肩部肌肉過度勞累，進而引發肩膀疼痛現象。

1.長時間的擺臂運動會讓肩部肌肉承受較大壓力。

2.過度疲勞后，肩部肌肉可能出現酸脹、疼痛等不適。

二、肩部肌肉拉傷：若在跑步前未充分拉伸全身肌肉，且跑步時速度過快，當上臂前后擺動用力過猛時，就可能拉傷肩部肌肉或韌帶，從而導致肩膀疼。

1.未拉伸使得肌肉和韌帶未做好準備。

2.快速跑步和過大的擺臂力量容易造成損傷。

三、肩周炎：患者若本身患有肩周炎，存在肩關節疼痛、粘連、活動受限等情況，那么在跑步擺動上臂時會加劇疼痛。

1.肩周炎會有特定的癥狀表現。

2.跑步動作會加重原有病癥的疼痛程度。

總之，若偶爾出現這種情況，下次跑步前應注意做好熱身訓練，控制跑步時間；若是身體某些疾病所致，則需查明病因，并在醫生指導下進行相應治療。