懷孕三個月肚子隱隱作痛可能是子宮增大、韌帶拉伸、消化問題或其他原因引起，如疼痛持續或加重、伴有出血等異常，應及時就醫。

1.子宮增大：懷孕后，子宮會逐漸增大，以適應胎兒的生長。這個過程中，子宮可能會出現牽拉痛或不適感。

2.子宮韌帶拉伸：子宮周圍的韌帶也會隨著子宮的增大而被拉伸，可能引起疼痛。

3.消化問題：懷孕期間，消化系統也會發生變化，如胃酸反流、便秘等，這些問題可能導致肚子隱痛。

4.其他：如子宮肌瘤、先兆流產等情況，也可能引起肚子疼痛。

需要注意的是，如果疼痛持續加重、伴有陰道流血或其他異常癥狀，應及時就醫，以排除嚴重問題。同時，在懷孕期間，應注意休息，避免劇烈運動和過度勞累，保持良好的飲食習慣，如有任何不適，應及時告知醫生。