血管痣瘤、痣、毛囊炎都會導致生殖器上出現一個黑色小疙瘩，需及時就醫明確病因，然后通過手術、激光等方式治療。具體如下：

一、血管痣瘤：這是由胚胎期間成血管細胞增生而形成的軟組織內或皮膚內的先天性血管畸形和先天性良性腫瘤，可能會有陰莖上長凸起黑痣的情況。

1.其形成原因主要是胚胎發育過程中的異常。

2.癥狀表現就是在陰莖部位出現黑痣樣的凸起。

二、痣：也就是色素痣，是黑色素細胞增生形成的良性病變，可發生在生殖器上。

1.一般來說，這種痣無痛無癢，通常無需處理。

2.但如果影響到外觀，可考慮通過激光或手術進行治療。

三、毛囊炎：可能因陰莖部位衛生狀況不佳而感染金黃色葡萄球菌，致使陰莖出現毛囊炎。

1.炎癥刺激會使陰莖表皮長出黑色疙瘩。

2.同時可能伴有局部疼痛、瘙癢等癥狀。

此外，可能還有其他因素引起，需要醫生明確病因后給予針對性治療。

總之，當生殖器上出現黑色小疙瘩時，要重視并盡快就醫，以便準確診斷和恰當治療。