月經第三天痛經可能的原因包括不良飲食習慣、子宮腺肌病、子宮內膜異位癥等。具體如下：

一、不良飲食習慣。月經期間若食用了辛辣刺激食物，如辣椒等，或食用了生冷食物，如冷飲等，這些食物會刺激子宮內膜，使得經血回流變慢，從而導致在月經第三天出現痛經表現。此時，應及時調整飲食習慣，避免進食這類食物，通常這種痛經現象會逐漸緩解消失。

二、子宮腺肌病。這是一種子宮內膜腺體和間質侵入子宮肌層的疾病，會影響子宮內膜正常功能，造成患者月經周期異常，且在月經后期或第三天會有明顯痛經等不良狀況。可及時采用藥物如孕三烯酮膠囊、布洛芬等進行治療。

三、子宮內膜異位癥。由于患者子宮內膜脫落速度加快，伴隨出血量增多，會促使子宮收縮加快，進而出現月經第三天痛經的情況。可使用阿司匹林、吲哚美辛等藥物進行治療。

總之，月經第三天痛經可能由多種原因引起，需要根據具體情況進行診斷和治療。