懷孕初期吃藥可能影響胚胎發育，危害集中在是否影響胎兒發育方面，具體如下：

一、懷孕初期吃藥不當的危害：

1.可能引發胎兒畸形或損害，尤其在懷孕前12周內。此時不當用藥會導致基因突變、染色體異常，使胎兒蛋白質合成障礙，影響細胞有絲分裂，造成器官發育畸形。

(1)基因突變：藥物可能干擾基因的正常結構和功能，引起基因的突變。

(2)染色體異常：影響染色體的完整性和穩定性。

2.影響胎兒的正常生長發育。

二、懷孕初期應禁用的藥物：

1.抗腫瘤藥物，如白消安、環磷酰胺、甲氨蝶呤、苯丁酸氮芥等。

2.激素類藥物，如可的松、潑尼松龍、睪酮、己烯雌酚、甲羥孕酮等。

3.抗癲癇藥物，如苯妥英鈉、卡馬西平、三甲雙酮等。

4.政經類藥物，如氯氮卓、氟哌啶醇、沙利度胺等。

5.抗生素藥物，如伏立康唑、四環素等。

總之，懷孕初期是胎兒易受影響的關鍵階段，必須嚴格遵醫囑用藥，如需用藥一定要在醫生指導下進行，以免對胎兒造成損害。