早上起來兩邊腎疼可能與過度勞累、泌尿系統結石、感染、腎臟疾病或其他因素有關，建議及時就醫，進行相關檢查，明確病因，并采取相應治療措施。同時，注意休息，避免過度勞累，保持良好生活習慣。

1.過度勞累

如果前一天進行了劇烈運動或過度勞累，可能導致腰部肌肉酸痛，牽連到腎臟，引起疼痛。

2.泌尿系統結石

如腎結石、輸尿管結石等，可能引起腎區疼痛，常伴有血尿、惡心、嘔吐等癥狀。

3.感染

腎盂腎炎、腎膿腫等感染性疾病，可導致腎區疼痛，還可能伴有發熱、尿頻、尿急等癥狀。

4.腎臟疾病

如腎小球腎炎、腎盂腎炎、腎腫瘤等，也可能引起腎區疼痛。

5.其他

腰椎間盤突出、腰肌勞損等也可能導致腰部疼痛。

如果疼痛持續不緩解或伴有其他癥狀，建議及時就醫，進行相關檢查，如尿常規、血常規、超聲等，以明確病因，并采取相應的治療措施。同時，在日常生活中，應注意休息，避免過度勞累，保持良好的生活習慣。